Pour chaque branche, trois sections sont disponibles : * la section main est la section principale de Debian. Elle contient la plupart des paquets.
dpkg est le programme principal pour manipuler les fichiers de paquets (apt y fait d'ailleurs appel pour l'installation des dits programmes).
apt (Advanced Packaging Tool, outil avancé de paquets) est une interface avancée pour le système de gestion des paquets Debian, qui consiste en plusieurs programmes dont les noms commencent par « apt- » (apt-get, apt-cache, apt-cdrom…). Outre sa facilité d'emploi et sa polyvalence, son intérêt réside dans sa gestion automatique des dépendances entre les différents paquets. Il existe également une interface graphique pour ce programme : synaptic.
dselect est l'interface utilisateur historique, permettant une gestion plus aisée des paquets. Cet utilitaire tend à céder la place à aptitude.