A côté des quatre grands bureaux, GNU-Linux & BSD proposent de nombreux gestionnaires de fenêtres qui permettent un personnalisation poussée de l'interface ou une utilisation courante sur des machines peu puissantes.

9wm
AfterStep
Blackbox
Compiz (indépendant, sans autre gestionnaire de fenêtres)
FVWM
IceWM
Ion
JWM (Site officiel)
Fluxbox
LXDE
OPENBOX
PekWM (Site officiel)
Looking Glass
étoilé
Sawfish (Site officiel)
Toy'd (HomePage - GoogleProject)
Trinity
TWM (Tab Window Manager)
WindowMaker (Site officiel)
Pyro
awesome
wmii
RatPoison